1. Узнайте ваш OWNER_ID, идентификатор владельца модификаций. Для этого создайте в мастерской любую модификацию, можете для удобства скачать другой мод из Steam Workshop и взять картинку и файл описания мода. Переходим в "Мастерская Steam" - "Ваши предметы в разработке" - "Синяя кнопка + в правом нижнем углу, чтобы создать новый предмет".
2. Переходим в папку по пути Workers & Resources Soviet Republic\media_soviet\workshop_wip, там появится созданный вами мод. В папке находим файл workshopconfig.ini, открываем его и сохраняем значение из строки $OWNER_ID, это ваш идентификатор, который нужно будет приписывать всем остальным модификациям для отображения их в вашей игре.
3. Для загрузки самих модификаций существуют разные способы, но лично я рекомендую использовать утилиту WorkshopDL, найдете на GitHub без труда. Программа позволяет скачивать модификации из мастерской, включая коллекций целиком, что крайне удобно. Также программа скачает модификации и сразу расположит их по папкам с нужными нам идентификаторами в названии.
4. После загрузки модификаций у вас появится папка WorkshopDL\steamcmd\steamapps\workshop\content\784150 в которой вы увидите все папки с модификациями. Можно вручную открывать каждую из папок, менять значение $OWNER_ID в каждом из файлов, но это крайне затруднительно, когда речь идет о сотнях модификаций. Используем батник.
5. Создаем текстовый файл в Notepad++, вставляем в него следующий код:

@echo off
setlocal enabledelayedexpansion

set "root_dir=C:\WorkshopDL\steamcmd\steamapps\workshop\content\784150"
set "new_owner_id=76561197960270388"

for /d %%d in ("%root_dir%\*") do (
    set "file=%%d\workshopconfig.ini"
    if exist "!file!" (
        powershell -Command "(Get-Content '!file!') -replace '\$OWNER_ID \d+', '\$OWNER_ID 
        echo Updated !file!
    )
)

echo All workshopconfig.ini files have been updated.
pause

В коде необходимо заменить параметры set "root_dir= на ваш путь к папке и set "new_owner_id на ваш идентификатор для модификаций. Сохраняем как .bat в папку с модификациями и запускаем. Теперь все моды готовы к использованию, копируем папки модификаций в папку Workers & Resources Soviet Republic\media_soviet\workshop_wip и наслаждаемся.

Для удобства выложу файл bat отдельно, если у кого возникнут проблемы с его созданием.

Способ намного удобнее, чем выполнение всех операций вручную и позволяет установить сотни модификаций буквально по щелчку пальцев. Один раз настроили и пользуемся без проблем.